Kowalsky ist einer der führenden deutschen Wissenschaftler im Bereich der Organischen Elektronik und Geschäftsführender Leiter des Instituts für Hochfrequenztechnik der Technischen Universität Braunschweig.
Seine zusätzliche Funktion als wissenschaftlicher Geschäftsführer der iL übt er in Nebentätigkeit aus und verantwortet darüber hinaus auch die Leitung des Kompetenzzentrums Analytik in der iL, das sich mit den physikalisch-technischen Eigenschaften organischer Materialien befasst.
Kowalsky forscht auf dem Gebiet der organischen Halbleiter und hat richtungsweisende Arbeiten zu organischen Leuchtdioden (OLEDs) in Bildschirmen vorgelegt. Seine Forschung spannt einen Bogen von physikalischen Grundlagen bis zu komplexen Bauelementen für die technische Anwendung.
Als Stipendiat der Studienstiftung des Deutschen Volkes studierte Kowalsky Elektrotechnik an der TU Braunschweig, wo er 1985 auch die Promotion ablegte. Ab 1982 war er (mit Unterbrechung für eine Tätigkeit am Heinrich-Hertz-Institut für Nachrichtentechnik in Berlin) wissenschaftlicher Mitarbeiter am TU-Institut für Hochfrequenztechnik und wurde 1989 habilitiert. Ein Jahr später folgte er einem Ruf auf die Professur für Optoelektronik an der Universität Ulm. 1994 kehrte Professor Kowalsky an die TU Braunschweig zurück und leitet seitdem das Institut für Hochfrequenztechnik. 2002 wurde er von der Deutschen Forschungsgemeinschaft (DFG) mit dem Leibniz-Preis, dem höchsten deutschen Forschungspreis in Höhe von 3 Millionen Mark, ausgezeichnet.
